开启二周目的第一步是确保你已经完成了一周目的所有主线任务，包括击败四大天王和冠军。通关后，系统会自动存档，这时候你只需要读取这个存档就能进入二周目。二周目开始时，你会发现自己站在家门前，大木博士会主动来找你，如果你的图鉴已经收集了超过60种宝可梦，他会帮你升级到全国图鉴模式。这时候你就可以开始新的冒险了。
接下来你需要前往枯叶市乘船前往一岛，在那里你会遇到之前在精灵中心修理大机器的那个人，他会告诉你机器需要红宝石才能修好。这时候你需要再次前往灯火山，在右边会遇到两个火箭队的余党，打败他们后可以听到第一个密码的情报。进入洞穴深处找到红宝石，把它带回去交给那个人，他会给你彩虹通行证，这样你就可以在七岛之间自由穿梭了。
拿到彩虹通行证后，你可以乘船前往四岛，在那里会遇到小茂，不过这次他不会和你对战。在岛上你会发现冰系天王科拿的家，冲浪进入她家右侧的冰洞，里面有个大瀑布暂时无法攀爬。你需要利用碎冰机关到达右下角拿到HM07攀瀑，这样就可以爬上瀑布了。在洞穴深处你会遇到科拿和火箭队，帮助她击败火箭队后，他们会告诉你下一个目标是五岛的火箭队仓库。
来到五岛后向右走会发现火箭队的仓库，但没有密码无法进入。这时候你需要从六岛右侧的海滩冲浪到达水路，进入标记森林。穿过森林后可以到达变化洞穴，在洞穴深处按顺序掉进上、左、右、下的洞里就能找到蓝宝石。不过刚拿到就会被跟踪的NPC抢走，他会留下火箭队仓库的密码。回到五岛仓库输入密码进入，在右上角找到那个NPC并击败他，就能拿回蓝宝石。
最后回到一岛的网络中心，把蓝宝石交给NPC后设备就完成了，这时游戏就可以和宝石版通信了。至此二周目的主要任务基本完成，你可以继续探索七岛的其他内容，比如训练师塔的挑战，或者捕捉三神鸟和超梦等传说宝可梦。记得在冒险过程中多存档，这样遇到突发情况也能及时调整策略。
