在迷失岛2中开启二周目并不意味着剧情会发生彻底的颠覆性改变，而是在原有故事框架基础上增加了新的探索内容和隐藏真相。二周目的故事线依然围绕主角在神秘岛屿上的冒险展开，但通过新增的隐藏成就和场景，玩家可以获得更深入的叙事体验和线索补充，从而对一周目的剧情有更全面的理解。
二周目的流程与一周目大致相同，玩家需要重新解谜和收集物品，但关键变化在于新增了四个蓝色三角石块和一个红珠道具，这些物品的收集和解锁过程会逐步揭示游戏背景中未在一周目完全展现的细节。这些新增元素并不改变主线剧情的核心走向，而是作为一种扩展，让玩家发现那些在一周目中未曾触及的秘密片段。
游戏中的二周目通过隐藏成就如南瓜先生大冒险、小三角大英雄和宇宙的尘埃，进一步深化了关于时间与空间的哲学主题。玩家在二周目中可以观察到如画板线索图的变化、新增的船舱二楼红眼石板，以及工厂和神庙谜题的调整，这些都为剧情注入了新的层次感。
二周目还引入了新的场景和解谜挑战，例如在桥下出现的小楼梯通往隐藏区域，这为玩家提供了额外的叙事视角，但并不代表二周目是一个全新的故事线。相反，它鼓励玩家在熟悉的环境中进行更细致的观察，以挖掘隐藏的真相。
要完成二周目，玩家需要按照一周目的基本步骤推进，但需额外留意收集六个三角石块，并按照灯塔二楼的提示纸进行摆放，从而解锁神庙二楼的密室，最终让火箭成功起飞，这一过程延续了一周目的目标，但通过新增的元素增强了剧情的连贯性和深度。
在二周目通关后，玩家可能会解锁额外的剧情片段，例如在火箭升空后等待一段时间，它会降落在特殊场景中，这为游戏的整体叙事增添了趣味性和完整性。这些隐藏内容的设计确保了玩家在重复游玩时仍能保持新鲜感，而不会感到剧情上的重复或单调。
